home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ The Learning Curve / The Learning Curve (Weird Science, 1996).iso / health / ct / images.doc < prev    next >
Text File  |  1992-06-23  |  13KB  |  304 lines
  1. Documentation for the images from CT_Ver2.2.                   August 2,1989
  2.  
  3.                         
  4. These images are taken from the following disks:
  5. CT    : The images sent with the original release: Skull, brain, heart,
  6.         spine, abdomen.  I have updated the heart image and added a montage
  7.         of heart images showing a heart beat.        
  8. CT_IM1: A set of misc. images: Brain scan showing shunt, biopsy scan,
  9.         brain flow scans, liver flow scans, several 3D reconstructed spines.
  10. KIDNEY: A set of 9 contiguous slices from an abdomen study.  Shows abdominal
  11.         anatomy nicely.
  12. BHEAD:  A complete brain study (14 scans) of a 5 mo old child.
  13. CT_IM2: A scan of some gallstones, a scan of a severe case of pulmonary
  14.         fibrosis, and 16 scans from a unique study of a child with a
  15.         thoracic kidney.
  16.  
  17. For more information about CT and about these disks see the file
  18. CT.readme.  I have included in this file the original documentation from
  19. the above disks.
  20.  
  21. ---------------------------------------------------------------------------
  22. BHEAD.DOC
  23. Documentation for bhead images (from BHEAD disk).
  24.                                                        J. Harman 2/10/89
  25. This is a complete head study of a 6 month old infant, a follow up to a head
  26. injury.  The scans are 6mm thick at 6mm intervals starting at the orbits
  27. (eyeballs) and covering the entire top of the head. Use s 100 40 to view the
  28. brain, s 1500 0 to view the skull in the early scans. 
  29.  
  30. Execute the file viewimages to see all the scans.  The file format is new and
  31. needs CT version 2.0 or later.  I have included the latest version of CT and
  32. the help file CT.readme on this disk.
  33.  
  34. The following is the Imatron scan documentation:
  35.  
  36. Date               : 21-JAN-88  
  37. Time               : 07:06:00 
  38. Patient ID         :       
  39. Patient Name       : M-6M/HEAD         
  40. Comments           : INFANT HEAD 
  41. Diagnostic Comments: F/U HEAD INJURY                         
  42. Scanner Name       : CHILDREN'S
  43. Pixel Length       : 0.8203 mm 
  44. Number of slices   : 14
  45. Number of levels   : 14
  46. N times per level  : 1
  47. N rows             : 256
  48. N cols             : 256
  49. Study Type         : Volume
  50. Contrast Type      : RENO                
  51. Contrast Dose      : 18.000000 CC
  52. Referring Doctor   :   
  53. Radiologist        : 
  54. Technician Initials: 
  55. Kernel Type        : Normal
  56. Birth Date         : 07-01-87 
  57. Trigger Type       : Timed
  58. Patient Size       : Medium
  59. Scanner Mode       : Single-slice mode
  60. Slice Thickness    : 6.000000 mm
  61.  
  62. Slice 1 data
  63. Data Location      : 15360 bytes
  64. Slice Size         : 131072 bytes
  65. Scan Voltage       : 129128.203125 V
  66. Scan Current       : 0.596000 A
  67. N averaged         : 5 (.5 sec scan)
  68. Picture Radius     : 210.000000 mm
  69. Elapsed Time       : 0.131000 sec
  70. Table Position     : 0.000000 mm
  71. Table Height        : 140.000000 mm
  72. Table Tilt         : 0.000000 degrees
  73. Table Slew         : 2.000000 degrees
  74. Patient Orientation: 1: supine head first
  75.  
  76. --------------------------------------------------------------------------
  77. BIOPSY.DOC
  78. Documentation for biopsy.img (from CT_IM1 disk).
  79.     This scan was used to check on the position of a biopsy needle.  There is
  80. a soft tissue mass about 3cm in diameter adjacent to the arch of the aorta.
  81. The scan time was .3 sec.  This is faster than any other CT scanner.  The
  82. short scan time helps to reduce artifacts due to the motion of the  heart and
  83. lungs.  Use s 800 -600 to see the lungs and needle, s 400 40 to see the
  84. mass, aortic arch, and muscles.
  85.  
  86.  
  87. Date               : 19-JUL-88  
  88. Time               : 10:15:18 
  89. Patient ID         :        
  90. Patient Name       :   
  91. Pixel Length       : 1.367188 mm 
  92. Number of slices   : 3
  93. Number of levels   : 3
  94. N times per level  : 1
  95. Anatomical Ref.    : SN
  96. Study Type         : 5: volume
  97. Contrast Type      : ANGIOVIST 370       
  98. Contrast Dose      : 0.000000 CC
  99. Injection Site     : LT ARM              
  100. Referring Doctor   :          
  101. Radiologist        :       
  102. Technician Initials: 
  103. Birth Date         : 01-APR-31
  104. Trigger Type       : 2: timed
  105. Patient Size       : 3: large
  106. Diagnostic Comments: LUNG MASS                               
  107. Scanner Name       : ST MARYS HOSP 
  108. Scanner Mode       : 6: single-slice mode
  109. Slice Thickness    : 6.000000 mm
  110.  
  111. Scan 1 data:
  112. Scan Voltage       : 129777.773438 V
  113. Scan Current       : 0.632000 A
  114. N Rows             : 256
  115. N Columns          : 256
  116. N averaged         : 3 (.3 sec scan)
  117. Picture Radius     : 350.000000 mm
  118. Elapsed Time       : 0.131000 sec
  119. Table Position     : 60.000000 mm
  120. Table Height       : 186.000000 mm
  121. Table Tilt         : 0.000000 degrees
  122. Table Slew         : 0.000000 degrees
  123. Patient Orientation: 1: supine head first
  124.  
  125. ---------------------------------------------------------------------------
  126. GALL.DOC
  127. Documentation for gall.img (from CT_IM2 disk).
  128.  
  129.     This abdomen scan shows gallstones in a 67 year old female.  There are
  130. four of them showing as white dots in the gallbladder, a darker object above
  131. the liver on the left side of the image (right side of the patient). View
  132. with s 500 50.  The gallstones are not as easily separated in the lower 
  133. resolution image I made for the Amiga.  The original is 512x512.
  134.     These images are all CT scans of real people.  I've included a sampling
  135. of scans of various parts of the body.  A CT scan shows anatomy as if
  136. the patient was sliced perpendicular to his long axis.  This can be a
  137. little confusing at first.  The patient's right side is on the left side
  138. of the image.  It is as if you are standing at the patient's feet.
  139.     
  140. -----------------------------------------------------------------------------
  141. HEART.DOC
  142. Documentation for heartb.img (from CT disk). 
  143. HEARTB.IMG: This is a montage of images of a heart taken every 58msecs.  This
  144.             is far faster than any other commercial scanner.  You can see the
  145.             left ventricle (on the right) contract and then relax during the
  146.             sequence.  Use s 500 50.  By delineating the walls of the left
  147.             ventricle at end diastole (when relaxed, first row left) and at
  148.             end systole (when contracted, second row left) we can calculate 
  149.             various parameters which characterize how well the heart is 
  150.             working as a pump.  This can be used to diagnose and quantify 
  151.             heart disease.  Here is an image processing sequence which will
  152.             outline the significant edges in the image:
  153.             (You will need at least 3 buffers.)
  154.             First read in heartb.img into buffer 0 and display it on the
  155.             left.  Then do the following.
  156.             v 0 1
  157.             g
  158.             D 1        (This displays the once smoothed image on right)
  159.             v 1 2
  160.             g
  161.             D 2        (Now the image has been smoothed twice)
  162.             v 2 1
  163.             g
  164.             D 1        (Lots of smoothing gives fewer edge points)
  165.             v 1 2
  166.             l
  167.             s 200 0
  168.             D 2        (Now we are displaying the Laplacian of a Gaussian)
  169.             f 2 1
  170.             l
  171.             20
  172.             D 1        (This is the final image)
  173.  
  174. --------------------------------------------------------------------------
  175. KIDNEY.DOC
  176. Documentation for kidney images (from KIDNEY disk).
  177.                                                         J. Harman   2/27/89 
  178.  
  179. This disk contains 9 contiguous slices from an abdomen scan.  The image file
  180. format is a new one and CT version 2.0 and above must be used to view the
  181. images.  I am including the latest version of CT on this disk.  For more
  182. information on how CT works see the CT.readme file.
  183.  
  184. To view all the slices execute the viewimages file.  It takes about
  185. 5 min to display them all.  To exit the slideshow type q.  To exit from the
  186. CT program click on the close gadget.
  187.  
  188. Use s 400 0 to view the images.  Use s 100 100 to look closer at the liver
  189. and other organs. Many veins, arteries, and other structures have been
  190. enhanced (turned whiter) due to the administration of "contrast".  Contrast
  191. is an iodine or barium compound administered orally or intravenously (in this
  192. case) before the scan.  It shows up white in CT scans.  Parts of the kidneys 
  193. and bowels as well as the aorta, inferior vena cava, and hepatic veins have 
  194. become white to varying extent due to the contrast.  I'm no radiologist
  195. and can't interpret the scans, but I can pick out the spine, liver, aorta,
  196. hepatic veins (faint), inferior vena cava, stomach, spleen, pancreas, kidneys,
  197. gallbladder, and much more.
  198.  
  199. What follows is the original image file documentation.
  200.  
  201. File Name          : 019235.9D3 
  202. Date               : 27-JUL-88  
  203. Time               : 09:39:38 
  204. Patient ID         : 
  205. Patient Name       :              
  206. Pixel Length       : 1.367188 mm 
  207. Number of slices   : 24
  208. Number of levels   : 24
  209. N times per level  : 1
  210. Anatomical Ref.    : IC
  211. Study Type         : Volume
  212. Contrast Type      : 130CC ANGIOVIST 282 
  213. Referring Doctor   :     
  214. Radiologist        :     
  215. Technician Initials: 
  216. Kernel Type        : normal
  217. Birth Date         : 6-18-40  
  218. Trigger Type       : 2: timed
  219. Patient Size       : 3: large
  220. Diagnostic Comments: ABD LYMPHOMA,RESIDUAL MASS,F/U CT       
  221. Scanner Name       : UCSF CINE-CT      
  222. Scanner Mode       : 6: single-slice mode
  223. Slice Thickness    : 10.000000 mm
  224.  
  225. Data for slice 1:
  226. Slice Size         : 131072 bytes
  227. Scan Direction Flag: 1 
  228. Scan Voltage       : 129777.773438 V
  229. Scan Current       : 0.548000 A
  230. N Rows             : 256
  231. N Columns          : 256
  232. N averaged         : 8 (Scan time is .8 sec)
  233. Picture Radius     : 350.000000 mm
  234. Elapsed Time       : 0.131000 sec
  235. Table Position     : 3700.000000 mm
  236. Table Height       : 190.000000 mm
  237. Table Tilt         : 0.000000 degrees
  238. Table Slew         : 0.000000 degrees
  239. Patient Orientation: 1: supine head first
  240. ----------------------------------------------------------------------------
  241. SPINES.DOC
  242. Documentation for 3D spine images (from CT_IM1 disk).
  243. The spine files on this disk are 3D reconstructions of lumbar spines scanned
  244. on an Imatron scanner.  The 3D reconstruction process takes a set of standard
  245. CT images (like spine.img in the first CT image disk) and produces a three 
  246. dimensional reconstruction of the object of interest (in this case the spine.)
  247. The object can then be viewed from various angles and anatomical relationships
  248. more easily visualized. 
  249.  
  250. spineh and Gspine are normal spines. Tspine has been invaded by a tumor.  
  251. spineh was scanned with a 6mm slice width while Gspine and Tspine were 
  252. scanned with a 3mm slice width.  Each study consists of about 22 - 24 slices.
  253. This covers about 13 cm in the spineh study and about 7cm in the others.  The 
  254. larger slice width produces a coarser image but covers more of the spine.  
  255.  
  256. The 3D reconstructions were done by a beta release of VIEW3D by PURA labs.
  257. They use only 8 bits per pixel.  Use s 140 -830 to view the images.
  258.  
  259. If you have enough ram for at least two buffers try this:
  260. Read spineh.img into buffer 0.  Type v 0 1 (ret) then type u (ret).  This
  261. does an unsharp mask convolution on the image and deposits it in buffer 1.
  262. Type d 0 (ret) and D 1 (ret).  Notice that the edges in the image have been
  263. enhanced giving the appearance of a sharper image.  You can repeat the
  264. convolution on buffer 1 to get an even sharper image.
  265. ----------------------------------------------------------------------------
  266. TK.DOC
  267. Documentation for tk images (from CT_IM2 disk).
  268.     These scans are of a 4 month old male.  They are unusual in that the 
  269. child was placed crossways ("direct sagittal") in the scanner.  This child 
  270. has one kidney located in an unusual position in the thorax.  It can be 
  271. seen in scans 4 - 9.  The normal kidney appears indistinctly in scans 18,
  272. 19.  One help in finding the kidneys is that a small amount of contrast
  273. was gived to the child and this has been concentrated in the kidneys.
  274. Look for small white areas in the thoracic kidney in scans 8 and 9 and in 
  275. the normal kidney in scans 18 and 19. Use s 800 0 to view the images. 
  276. A very short scan time of .1 sec was used.  This and the fact that 
  277. the child's legs were out of the reconstruction circle account for the 
  278. streaks in the image.  If you don't mind the streaks use s 400 0 to view
  279. the images.
  280.  
  281.     The original documentation follows.
  282.  
  283. File Name          : 008749.875 
  284. Scanner Name       : CHILDREN'S 
  285. Date, Time         : 13-JAN-88   07:13:00
  286. Pat. Name, ID, DOB : M-4M/CHEST       , 686-548     , 09-10-87 
  287. Comments           : MERGED: 008748.87J 008749.87K  
  288. Diagnosis          :                           
  289. Scan Mode, Kernel  : 6: single-slice mode, 6: (kernel code) 
  290. Pixel Length       : 0.927734 mm 
  291. Slice Thickness    : 6.000000 mm
  292. Slices             : 22
  293. Levels, Times      : 22 1
  294. N Rows             : 512
  295. N Columns          : 512
  296. N averaged         : 1
  297. Picture Radius     : 475.000000 mm
  298. UseDet1, UseDet2   : 0 1
  299. Target             : C 
  300. Orientation        : Direct Sagittal
  301. XOrigin, YOrigin   : 0.000000 0.000000 mm
  302. Table Pos, Height  : 0.000000 196.000000 mm
  303. Table Tilt, Slew   : 0.000000 0.000000 deg
  304.